A Nemzeti Park egyik legszebb területét Magyarország utolsó, épen fennmaradt sziki tölgyesei között tartják számon. A 644 hektáros, 82 hektáron fokozottan védett részterületének környéke azért képvisel kiemelkedő értéket, mert valamikor az Alföld jellegzetes erdőtársulása volt, melyből mára csupán néhány helyen maradtak meg állományai a Tiszántúlon.

A Bélmegyeri Fáspuszta zoológiai szempontból is kiemelkedő értékekkel bír. A területen él egy, fejlődésében a sziki kocsordhoz kötődő veszélyeztetett lepkefajunk, a nagy szikibagoly (Gortyna borelii), melynek világállománya döntően hazánkra koncentrálódik. A Nemzeti Park e részterületén, viszonylag kis kiterjedése ellenére olyan további értékeket találunk, mint a fekete gólya (Ciconia nigra), a rétisas (Haliaeetus albicilla), a barna kánya (Milvus migrans), vagy az évtizedek óta létező gémtelep.

Kis területe, sérülékenysége miatt központi, fokozottan védett része nem látogatható.

A vésztő-szeghalmi út mellett, Vésztőtől mintegy 4 kilométerre elhelyezkedő Mágori-domb és közvetlen környezete 1978-ban került régészeti és természetvédelmi kettős védelem alá 13 hektáros területen. A Holt-Sebes-Körös ölelésében húzódó, a Vésztő-Mágor Történelmi Emlékhelyet is magába foglaló mintegy 947 hektáros terület 1987-ben vált védetté, majd Mágor-puszta elnevezéssel lett a Körös-Maros Nemzeti Park részterülete.

A belépődíj ellenében megtekinthető Vésztő-Mágor Történelmi Emlékhely kivételével a terület szabadon látogatható. Az Emlékhely bejáratához vezető út mellől indul a Mágor-pusztai tanösvény, melynek alig több mint 500 méter hosszú útvonalának bejárásával megismerhetők a védett terület természeti és kultúrtörténeti értékei.

A Nemzeti Park legnagyobb, egyben legmozaikosabb, szikes gyepek és a Hortobágy-Berettyó folyó által uralt, szántókkal, facsoportokkal tagolt részterülete, mely Dévaványa mellett Ecsegfalva, Túrkeve és Gyomaendrőd határait érinti. Az 1975 óta védettség alatt álló terület 13 085 hektáron őrzi a valamikori Nagy-Sárrét peremterületén fekvő, a folyószabályozásokat megelőzően a Tisza és a Berettyó áradásai által táplált egykori mocsárvidék jellemző élőhelyeinek maradványait, a hozzájuk kötődő jelentős növény- és állatfajokkal. A fokozottan védett részek kiterjedése 2659 hektár.

A terület kiváló feltételeket biztosít a világszinten veszélyeztetett túzoknak (Otis tarda). A Dévaványa térségében élő, a magyarországi állomány egyharmadát adó populáció több, mint 500 egyedet számlál.

A Dévaványai-Ecsegi puszták iránt érdeklődőket a Sterbetz István Túzokvédelmi Látogatóközpont fogadja. Ugyancsak innét indul a Réhelyi tanösvény, melynek másfél kilométeres szakaszán megismerhetők a térség botanikai és zoológiai értékei. Az igazgatóság a Dévaványai-Ecsegi pusztákon a természeti értékek és a táj mélyrehatóbb megismerése érdekében kerékpártúra útvonalakat is kialakított.

Szabadkígyósi Tájvédelmi Körzet néven 1977 nyarán 3800 hektár szántókkal, erdőfoltokkal tarkított ősgyepet és az egykori Ókígyós központjában elhelyezkedő Wenckheim-kastélyt jelölték ki védelemre. Ez az egykori folyóvölgyekkel, időszakos vízállásokkal szabdalt táj, Békés megye mindenkor egyik legjelentősebb pusztája a területbővítések eredményeként ma a Nemzeti Park részterületeként, Szabadkígyós, Újkígyós, Kétegyháza és Gyula határában 4779 hektáron szolgálja az itt élő növény- és állatvilág fennmaradását. A fokozottan védett részek kiterjedése 735 hektár.

A Nemzeti Parkban fekszik a szabadkígyósi Wenckheim-kastély és a hozzá tartozó kastélypark is, mely régóta a kirándulók kedvelt célpontja.

A terület északi részén fekvő Nagy-gyöp mocsarának kivételével a teljes terület és a kastélypark is szabadon látogatható. Az itt található 5 kilométer hosszúságú Kígyósi tanösvény a puszta növény- és állatfajait, jellegzetes élőhelyeit mutatja be.

A Hármas-Körös hullámterének Békés és Jász-Nagykun-Szolnok megyébe eső szakaszát foglalja magába Csárdaszállás és Szelevény között, érintve Gyomaendrőd, Mezőtúr, Szarvas, Békésszentandrás, Mesterszállás, Öcsöd, Tiszaföldvár és Kunszentmárton területét, mintegy 6580 hektáron.

A legszebb holtágakat a Körös-ártéren láthatjuk, melyek közül nyolcat tartanak számon az országosan is kiemelt jelentőségű, úgynevezett szentély holtágak között.

A hullámtér sok faj számára jelent kedvező életteret a környező alföldi kultúrtájban, gazdag flórája és faunája fontos szerepet játszik a mentett oldali vizes élőhelyek élővilágának fennmaradásában és megújulásában is.

A Hármas-Körös hullámterének kultúrtörténeti értékei közé elsősorban a folyószabályozáshoz kötődő vízügyi emlékek tartoznak. Számos régi gátőrház, gőzszivattyútelep található a védtöltések mentén. A Körös-ártér teljes területe szabadon látogatható. Növény- és állatvilágát, kultúrtörténetét mutatja be az itt található Halásztelki tanösvény. A közel 3,5 km hosszú, változatos útvonalú tanösvény indító táblája a Szarvas-Mezőtúr vasúti híd szarvasi hídfőjénél található.

A Nemzeti Park ma Cserebökény név alatt ismert részterülete Csongrád megye északkeleti szegletében, Szentes és Fábiánsebestyén határában található. Valaha része volt a Kunszentmártontól Nagyszénásig húzódó, a Tisza, a Hármas-Körös és számos ér által kialakított hatalmas, mocsaras árterületnek. A Körös vize áradáskor a folyó Szarvasnál lévő kiágazásán, a Kákafokon keresztül különböző ereken érkezett a területre, táplálva a mocsarakat. A víz végül a terület mocsarainak két nagy elvezető erébe, a Veker- és Kórógy-érbe folyt, ahonnan a Kurcán keresztül jutott a Tiszába. A XIX. század végére a folyószabályozások révén a folyóvízi eredetű áradásoktól elzárt terület kiszáradt és pusztásodott, mára széttöredezett. A táj történetében 1992-ben nyílt új fejezet, amikor Cserebökényi-puszták Tájvédelmi Körzet néven védetté nyilvánították azt a területet, mely később, 1997-ben a Nemzeti Park részévé vált.

Cserebökény tájképi értékei az idős, magányos és csoportos füzek, nyárfák, a gazdálkodási hagyományokat őrző épületek, gémeskutak, kunhalmok, útmenti feszületek. Teljes területe szabadon látogatható.

A Vásárhelyi-puszta egykor Hódmezővásárhely külső legelője volt, ma nagyrészt Kardoskút és Székkutas osztozik rajta. Az 5629 hektár kiterjedésű, 263 hektár fokozottan védett területet is magába foglaló részterület a Dél-Tiszántúl egyik legnagyobb egybefüggő pusztafoltja.

A speciális élőhelyi adottságú, ezért kiemelkedő értéket képviselő kardoskúti Fehér-tavat valójában két különböző eredetű tómeder alkotja. A keleti medence valószínűleg egy ősi Maros főágból, a keletinél jóval szélesebb nyugati medence egy ősi Maros mellékágból alakulhatott ki.

A tó tavasszal és ősszel a Kárpát-medence egyik legfontosabb madárszállója. Az átvonuló darvak, vadludak, récék, partimadarak hatalmas számban jelennek meg a tó nyugati, kiszélesedő, nyílt vízzel borított részén. Október végén akár nyolcvanezer madár is éjszakázhat a sekély vízen.

A Kardoskút-Pusztaközpontban található Kardoskúti Madárvonulási Múzeum, mely 2017-ben nyílt meg a látogatók számára. A Fehér-tó madárvilágának megfigyelését a Pusztaközpontból a hódmezővásárhelyi műúton továbbhaladva két megfigyelőtorony is segíti. A Fehér-tó és közvetlen környéke fokozottan védett terület, belépés csak engedéllyel történhet.

A Nemzeti Park 1989-ben védetté nyilvánított részterülete jelenleg Makó, Tótkomlós, Ambrózfalva, Nagyér, Csanádpalota és Királyhegyes határában, összesen 4057 hektáron terül el. A terület vegetációja és a tájtörténeti kutatások alapján egyértelműen megállapítható, hogy a Csanádi puszták esetében a XIX. század második felében végrehajtott vízszabályozási munkálatok nem változtatták meg lényegesen az időszakosan vízzel borított területek nagyságát, és nem ennek hatására alakultak ki a terület szikesei.

A Csanádi puszták három részből áll, a legészakibb, egyben legszárazabb és legszikesebb pusztafolt a Kopáncsi-puszta, középső tagja a Montág-puszta, a legdélebbi a Királyhegyesi-puszta.

A fokozottan védett Királyhegyesi-puszta és a Nagy-Zsombék nem látogatható. Utóbbinak főként tavaszi és késő őszi időszakban látványos vízivilága a Tótkomlós és Makó-Rákos között, a megyehatáron álló kilátótoronyból figyelhető meg.

A Maros folyó a Keleti-Kárpátokban, Marosfőnél ered és hétszáz kilométer megtétele után éri el a magyar határt. A folyó Magyarországra való belépésétől a szegedi torkolatig 50 kilométert tesz meg, 21 kilométert határfolyóként.
A folyó jobb parti hullámterében Makó-Landori erdők néven 1990-ben nyilvánítottak védetté egy 421 hektáros területet. A Nemzeti Park Maros-ártér néven kialakított részterülete ennek bővítésével, Csanádpalota, Magyarcsanád, Apátfalva, Makó, Maroslele és Szeged határában fekvő további ártéri erdők és gyepek bevonásával érte el jelenlegi 2852 hektáros kiterjedését.

A magyarországi szakasz élővilágának alakulásában alapvető szerepet játszik a folyó. A Maros a Tisza mellékfolyói közül a legnagyobb esésű, legnagyobb vízhozamú és a legnagyobb hordalékszállítású. Ezáltal érvényre jutnak a természetes mederalakító folyamatai is, melyek folyamatosan nyomonkövethetőek, változatos élőhelyet biztosítva a folyóvízi élővilág számára. Legnagyobb a vízgyűjtőterülete is, főként hegyvidéki mellékfolyókkal, így közvetlen kapcsolatot teremt a hegyvidéki és síkvidéki növény- és állatvilág között.

A Battonyától 8 kilométerre északra fekvő, teljes területén fokozottan védett, mindössze 21 hektáros Tompapusztai löszgyep kis kiterjedése ellenére a Nemzeti Park egyik legféltettebb részterülete.
A területen jelenleg 274 edényes növényfaj előfordulása ismert, melyek nagy része kifejezetten a löszpusztarétekhez kötődik.

A terület a Dél-Tiszántúl védett rovarokban leggazdagabb területe. Hazánkban hat helyen ismert a löszgyepekhez kötődő ráncos gyászbogár (Probaticus subrugosus), a legstabilabb állománya itt található.

A Tompapusztai löszgyep egyike a különleges életmódú, Magyarországon jelenleg mindössze tíz helyről ismert magyar földikutya (Nanospalax hungaricus) előfordulási helyeinek.
A löszgyeptől északra sikerült egy nagyobb területet visszagyepesíteni, így az értékes gyep nem közvetlenül szántóval határos. Ide azóta számos ritka növényfaj spontán módon betelepedett és a földikutya is elkezdte benépesíteni a területet.

Egykor a Körös-Maros közének túlnyomó részét pusztai cserjésekkel és tatárjuharos lösztölgyesekkel tarkított löszpusztagyepek fedték. A szántóföldi művelés elterjedésével és a mezőgazdaság egyre intenzívebbé válásával a mezőségi talajú területeket teljes egészében feltörték, így az eredeti növénytakaró csak néhány kisebb foltban, kunhalmokon, határmezsgyéken maradt meg. Ilyen maradványfolt a Tatársánci ősgyep is, melynek értékét tovább fokozza a valamikori földvár kultúrtörténeti emlékegyüttese.

A Pusztaföldvártól délnyugatra, Orosháza községhatárában húzódó Nagytatársáncot az időszámításunk előtti VIII-V. században építették a környék lakói. Az Ős-Maros mellékágára félkörívben ráépített kettős, vizesárokkal kiegészített sáncvonal egyben fokozottan védett régészeti lelőhely is.

Mára a teljes sánc eredeti növénytakarójából sajnos csak egy fél hektáros terület maradt meg a külső sáncív legépebben fennmaradt, külső vizesárok felőli meredek lejtőjén. Az ősgyepet Dr. Kiss István főiskolai tanár, a Szegedi Tanárképző Főiskola Növénytani Tanszékének vezetője fedezte fel 1930-ban, és az ő nevéhez fűződik a terület védetté nyilvánítása is, melyre 1971-ben került sor 0,56 hektáron.

A volgamenti hérics (Adonis volgensis) Magyarország legritkább és legveszélyeztetettebb növényritkaságai közé tartozik, az ország területén két állománya ismert, a legnagyobb Csorvás mellett található. Elterjedési területének legnyugatibb határát hazánkban éri el, keletre pedig egészen az oroszországi sztyepp övezetig húzódik.
A populációgenetikai kutatások pedig azt igazolták, hogy a növény egy fontos ősi ágat képvisel hazánkban és a jelenlegi elterjedési terület többi része innen kolonizálhatott keleti irányba az utolsó jégkorszak után.

A volgamenti hérics volt az első növényfaj Magyarországon, melyet 1971-ben még megmaradt természetes termőhelyeivel együtt védetté nyilvánítottak. Mezsgyére visszaszorult maradvány élőhelyén számos értékes és védett löszgyepfajjal együtt fordul elő, mint amilyen a kék atracél (Anchusa barrelieri), a gumós macskahere (Phlomis tuberosa), a vetővirág (Sternbergia colchiciflora), vagy a karcsú orbáncfű (Hypericum elegans).